Metal Gear’ın babası Hideo Kojima, Zone of Enders devam oyunu projesi iptal etti ve geliştirici ekibi dağıttı. Proje geçen yılın mayıs ayında duyurulmuştu ve konsept çizimleri gösterilmişti. Oyun PlayStation 2’ye çıkmış olan Zone of Enders: The Second Runner için bir devam oyunu olarak planlanmıştı.