Code Vein'de ciddi bir hikaye bulunuyor ve oyun sırasında verdiğimiz kararlara bağlı olarak bu hikaye üç farklı şekilde sonlanabiliyor. Genellikle oyuncular ilk oyunlarında farkına varmadan oyunun 'iyi sonuna' ulaşıyorlar ancak oyunun bunun dışında da sonları var. Her bir son farklı bir başarımı tetikliyor, özellikle de başarım almayı seven oyuncular oyunun diğer sonlarını da görmek isteyecektir.